Palestra na V Semana da Biotecnologia da UFC, 2015

Sob o título "Impressão genômica comparativa (igcDNA) como método forense de identificação e determinação de parentesco" ministrei palestra para os alunos do curso de graduação em Biotecnologia da Universidade Federal do Ceará no dia 27 de Novembro de 2015, no Campus do Pici, Fortaleza, CE, para uma audiência muito interessada e vibrante. Abaixo os slides da apresentação e uma foto minha com alguns dos estudantes mais empolgados com a genômica...:

Minicurso "Nutrigenômica e Bioinformática: Fenótipos de Interesse Nutricional"

De 10 a 12 de Novembro/2015, durante a XX Semana Universitária da UECE, na Sala 02 do prédio do ISCB (Instituto Superior Ciências Biomédicas), do CCS, ocorre o Minicurso de 12 horas/aula "Nutrigenômica e Bioinformática: Análise de Fenótipos de Interesse Nutricional" (vide material na página deste blog intitulada Nutrigenômica)

 

 

 

Palestra Prof. Jonas Almeida da Stony Brook University

A palestra ocorrerá no dia 27 de março de 2015 às 15h nas dependências do CMANS, em ocasião em que será recepcionado o Prof. Dr. Jonas Almeida (foto abaixo), eminente pesquisador de Bioinformática do Biomedical Informatics Department, Stony Brook University (SBU), Long Island, NY (Bio: jonasalmeida.info).

O tema da apresentação será: “Computação na Web: da Saúde Pública ao Atlas do Genoma do Câncer” e um resumo da palestra pode ser visto abaixo. O público alvo é composto de estudantes e professores, graduação e pós-graduação, dos cursos de saúde, ciências biológicas, biotecnologia e, especialmente, computação.



A Medicina Personalizada depende da acumulação de dados de referência, de forma que se possa identificar dados de pacientes que possuam características semelhantes às do indivíduo que se pretende tratar. O mesmo raciocínio pode ser estendido à análise de dados sobre populações. Um desafio adicional deste procedimento é o de desenvolver aplicações computacionais que mantenham privados os dados de cada indivíduo durante o processo de os comparar com os dados públicos da referência. A solução de ambos os problemas é encontrada no desenvolvimento de aplicações executadas inteiramente no Web Browser, e suportadas por dados em ambientes de Open Data. A apresentação desta metodologia é ilustrada, no extremo da saúde pública (ou de populações), por aplicações como http://bit.ly/pqiSuffolk, e no extremo da análise de dados do Atlas do Genoma do Câncer (TCGA) em http://bit.ly/tcgascopeGBM.

A visita do Prof. Jonas Almeida faz parte de uma iniciativa de colaboração iniciada em 2014 com o mestrado-sanduíche do Nutricionista Emanuel Diego Penha na Divisão de Informática do Departamento de Patologia da University of Alabama at Birmingham (UAB) e segue agora com a perspectiva de formalização de um convênio envolvendo a UECE e a SBU para intercâmbio em pesquisas biomédicas nas áreas de genômica, biologia computacional e bioinformática, câncer e doenças neurodegenerativas (http://bmi.stonybrookmedicine.edu/people).

Defesa de Dissertação de Mestrado Emanuel Diego dos Santos Penha

Título da Dissertação: MAPA SEMÂNTICO ISOMÓRFICO DE VARIAÇÕES GENÉTICAS EM VCFs (variant call format).

Data: 27/03/2015 às 9h

Local: Auditório CMANS - Curso de Mestrado Acadêmico em Nutrição e Saúde  

RESUMO

O formato VCF (Variant Calling Format) foi criado como subproduto do projeto 1000 genomas, sendo um formato genérico para representar polimorfismos (DANECEK et al., 2011). Em dois anos desde o seu desenvolvimento inicial, o formato ganhou popularidade como formato de escolha para os resultados de sequenciamento de nova geração. Sendo que o pipeline básico fastQ (reads) → BAM (alignment to reference) → VCF (genomic variants). Esse formato tem características que o coloca como fruto da evoluçao da modelagem e representação de dados em genomica. Esse avanço é relativo principalmente a expressividade, avançando para predição diática de formalismos da Web Semantica. Essa abordagem é semelhante ao Distributed Annotation Format (DAS) (DOWELL et al., 2001) , ancorando anotações e novos atributos à posições genômicas, de modo que para reportar metadados somente seja necessário a posição. O aumento em tamanho e complexidade desses arquivos aumentam a medida que a genomica clinica evolui. Isso provavelmente levará a problemas em portabilidade e interoperability que vem da flexibilidade em definição e instaciação das relações entre os elementos. Nós propomos resolver esse problema identificando e validando um mapa isomórfico entre VCF e a terceira geração de tecnologia Web (HENDLER, 2009) RDF (Resource Description Framework) (BERNERS-LEE, 2006) . Algumas ferramentas Web foram desenvolvidas para visualizar  e de analisar VCF ou mesmo mostrar em um genome browser (MEDINA et al., 2013) , mas a maior parte deles precisa de um servidor ou não é fornecido acesso ao código fonte e até onde sabemos, não há nenhum que faça a conversão de VCF para RDF. O código está disponível em https://github.com/ibl/vcf. Com uma versão online em:  http://ibl.github.io/vcf/diego.html.  

Defesa de Mestrado Ana Paula M. Bezerra: 29 de Novembro de 2013 no CMANS

Qualificação de Mestrado Emanuel Diego S Penha: 31 de Outubro de 2013 no CMANS

Following 2013

Novidades à vista:

1) Qualificação de Tese no Doutorado da RENORBIO: Aluna Samara Cardoso da Silva-Santiago - ocorreu em 20 de março de 2013, com aprovação pela banca examinadora.

2) A Defesa (fechada em virtude de vínculo com patente) ocorrerá em 26 de abril de 2013.

Título da Tese: "Genes Humanos Sujeitos ao Imprinting Genômico: Caracterização In Silico do Imprintoma e Aplicações Forenses"